Bosna-Hersek Yugoslavya’yı oluşturan cumhuriyetler arasında etnik yapısı en karmaşık olan cumhuriyettir. 1991’deki nüfus sayımına göre, toplam 4.760.000’luk Bosna- Hersek nüfusunun yüzde 44’ünü Müslümanların, yüzde 31’ini Sırpların, yüzde 17’sini Hırvatların ve yüzde 6’sını ise kendilerini “Yugoslav” olarak tanımlayanların oluşturduğu tespit edilmiştir.
1990 yılında ülkede yapılan çok partili seçimlerde, Müslümanların kurmuş olduğu “Demokratik Eylem Partisi” çoğunluğun oyunu almış, partinin başkanı Alija İzzetbegoviç Cumhurbaşkanı seçilmiştir. Seçim sonuçları ülkedeki derin bölünmeyi yansıtır nitelikte olmuştur. Bu seçimde Müslümanlar yüzde 36, Sırplar yüzde 30, Hırvatlar ise yüzde 18’ini almıştır. Bu oran Müslümanların tek başına iktidar olmasına yetmemiştir. Ülkenin başına milliyetçi partilerden oluşan 3’lü bir koalisyon geçmiştir. Ancak iktidardaki partiler arasında görüş birliği olması imkânsız gidiydi. Zira hepsinin programı farklı ve birbiriyle çoğu noktada zıttı. Partiler arasında yaşanan bu çatışma devlet kurumlarına da yansımıştır.
Bosna-Hersek Parlamentosu 15 Ekim 1991’de bağımsızlık kararı almıştır. Bu karar 29 Şubat ve 1 Mart 1992’de yapılan referandumlar ile Müslümanların ve Hırvatların büyük çoğunluğu tarafından onaylanmış ve bundan iki gün sonra 3 Mart 1992’de Parlamento resmen bağımsızlık ilân etmiştir. Bağımsız Bosna-Hersek Cumhuriyeti 6.Nisan.1992’de Avrupa Ekonomik Topluluğu (AET) ve Amerika Birleşik Devletleri tarafından tanınmıştır. 22.Mayıs.1992’de de ülke Birleşmiş Milletlere üye olmuştur.
Bosna-Hersek’in bağımsızlığı Hırvatistan’ınkinden farklı olmuştur. Uluslar arası kamuoyunun tahmin etmediği sonuçlar doğmuştur. Federal Ordu tarafından desteklenen Sırplar, Avrupa’nın merkezi diye tabir edeceğimiz bir bölgede etnik temizliğe[66] girişmişlerdir.
Eylül 1991’de Milošević’in emri ile Federal Ordu (JNA), bölgeye 5000 asker sevk etti.
Bosnalı Sırpların düşmanca tutumları durumu giderek kötüleştiriyordu. Özellikle de Bosnalı Sırpların lideri Radovan Karadziç’e Milošević tarafından yapılan çok büyük silah ve maddi destek gerginliği artırıyordu. 1992’ye gelindiğinde Bosna hükümeti işte böylesine kritik bir pozisyonun içindeydi. Bağımsızlık ilanının, çatışma olmadan Sırplar tarafından kabullenilmeyeceği açıktı, ama Sırbistan’ın demir pençesi altında yaşamayı kabul etmek de Bosnalılar adına kabul edilebilir gözükmüyordu.
Avrupa Ekonomik Topluluğu, bağımsızlık ilan etme konusunda kararsız olan Alija İzzetbegoviç yönetimine, eğer Bosna bağımsızlık ilan ederse hem AET hem de BM tarafından tanınacağı ve böylece “Hırvatistan taktiği” Belgrad’ın gazabından kurtulacağı konusunda garanti vermişlerdi. Bosna hükümetine, bağımsızlık konusunda bir referanduma gitme tavsiyesinde bulunmuşlar, bu “demokratik” yolun Bosna’yı uluslararası topluluğun himayesi altına sokacağı izlenimini vermişlerdi. Bunun bir aldatmaca olduğu daha sonra acı bir şekilde anlaşılacaktı.
21 Şubat 1992’de BM Güvenlik Konseyi aldığı bir kararla, barışı koruma misyonu UNPROFOR’un[67] oluşturulmasına ve eski YSFC’ deki çatışma bölgelerinde görevlendirilmesine yeşil ışık yaktı.
Bosna-Hersek’in 3 Mart 1992’de bağımsızlığını ilân etmesi ve bu kararın yapılan referandumlarla Müslümanlar ve Hırvatlar tarafından onaylanması, ülkede yaşayan Sırplar tarafından büyük bir tepkiyle karşılanmıştır. Söz konusu referandum Bosnalı Sırplar tarafından boykot edilmişti. Ayrıca Bosnalı Sırplar, federasyondan ayrılmayı savaş sebebi ilan ettiler.
6 Nisan 1992 günü Bosna-Hersek Avrupa Topluluğu tarafından egemen bir devlet olarak tanındı. Aynı gün, Sırp paramiliter birlikleri Milošević’ten aldıkları emirle, Müslüman kentlerinde korku ve terör estirmeye başlamışlardı. Çeşitli şehirlerde yaşanan küçük çaplı çatışmalar kısa sürede büyük bir çatışmaya ve nihayetinde de büyük bir soykırıma dönüştü.
Savaşta öncelikle herkes kendi etnik grubunun yoğun olduğu bölgeleri elinde tuttu. Dolayısıyla Bosna’nın kuzeyi, batısı, Saraybosna’nın doğusundaki banliyöler ve Doğu Hersek baştan Sırpların elinde kaldı. Hırvatlar ise Batı Hersek ile Orta ve Kuzeydoğu Bosna’daki kimi yerlerde tutundular. Ancak Yugoslav ordusunun tam tekmil saldırısı neticesinde Boşnak çoğunluğun yaşadığı Doğu Bosna’da Gorazde, Srebrenica ve Zepa dışındaki tüm şehirler, kuzeyde Brçko ve Hırvatların Boşnaklarla birlikte savundukları Bosanski Brod ve Modriça gibi kuzey şehirleri ile batıdaki Jajce Sırpların eline düştü. Sırplar buralarda yerli halka yönelik sistemli bir soykırım uygulayarak, sadece 1992 yılı içerisinde resmi rakamlara göre 122 bin kişiyi katlettiler.
Sırplar, öncelikle Müslümanların yoğun olarak yaşadıkları kentleri ele geçirmeyi hedeflemişler, savunmasız kalan Bosnalı Müslümanları evlerinden sürerek göçe zorlamış, toplama kamplarına götürerek katletmişlerdir. Amaçları, bu insanları tamamen yok etmek olmuştur. Zamanın Sırp liderlerinden biri olan Vladimir Srebov bunu şu sözleri ile açıkça ifade etmiştir: “Müslümanların yüzde ellisinin öldürülmesi, bir kısmının Ortodoks’a çevrilmesi, zengin olan çok az bir kısmının ise, para karşılığı canlarının bağışlanması ve Türkiye’ye gönderilmesi planlanıyordu. Amaç, Bosna-Hersek’in Müslümanlardan tamamen arındırılmasıydı.”[69]
22 Ocak 1993’te Hırvatistan ordusu Krayina bölgesindeki Sırplara karşı harekete geçti. Aynı zamanda Bosna-Hersek sınırları içerisinde Boşnak-Hırvat çatışmaları şiddetlendi. Daha önce Sırplara karşı ortak mücadele eden Boşnak ve Bosnalı Hırvatlar, kendi aralarında 27 Ocak 1993’te savaşmaya başladı. Hırvatlarla başlayan çatışmalar nedeniyle Sırp cephelerindeki birliklerini Hırvatlara karşı sürmek zorunda kalan Boşnaklar, bu yüzden doğudaki kazanımlarını kaybettiler. Üç şehir yeniden kuşatmaya düştü. Hırvatlar Mostar’ın yarısını aldılar, diğer yarı hem Sırp, hem Hırvat kuşatmasına karşı direndi. Mostar Şehri kuşatıldığında Osmanlı İmparatorluğu döneminde yapılmış olan şehrin sembolü olan tarihi Mostar köprüsü, Hırvat topçularının atışları sonucu yıkılmıştır.
Sırplar, Müslümanlara karşı saldırılarını sürdürürken, BM bu gelişmeler karşısında Müslümanlara yardımda bulunmaya başlamış, yiyecek ve ilaç temininin rahat yapılabilmesi için Bosna’ya askerlerini yerleştirmiştir. Ancak, BM askerlerine kesinlikle askerî müdahalede bulunmamaları için talimat verilmiştir.
Sırplar, en korkunç katliamı 11 Temmuz 1995’te, BM tarafından ilân edilen “güvenli bölgeler”den biri olan ve Hollanda’lı askerlerin görev yaptığı Srebrenica’da gerçekleştirmişler ve binlerce Müslüman’ı öldürmüşlerdir. Bu katliamlar dünya kamuoyu tarafından çok büyük tepkiyle karşılanmıştır. Bu gelişmeler sonucunda, savaşın küçük çaplı hava akınları ve diplomatik çabalarla durdurulamayacağı daha iyi anlaşılmıştır. Bosnalı Müslümanların kurtulması için Batının askerî gücünü kullanması kaçınılmaz hâle gelmiştir.
29 Ağustos 1995’te Sırp mevzilerini hedef alan ve birkaç gün sürecek olan esaslı NATO müdahalesi[70] başlatıldı. Bazı kilit noktalar hedef seçildi.
21 Kasım 1995’te Dayton Barış Antlaşması eski Bosna-Hersek, YFC ve Hırvatistan cumhurbaşkanları, sırasıyla Aliya İzzetbegoviç, Slobodan Miloşeviç ve Franjo Tudjman tarafından imzalandı. Dayton’un en önemli iki temel işlevi, taraflar arasında ateşkes sağlaması ve ülkede demokratikleşme sürecini başlatmasıdır. Anlaşmaya çeşitli eleştiriler getirilse de, savaşın sona ermesini sağlaması bile tek başına çok önemli bir gelişmedir. Zira savaş çok büyük yıkımlara sebep olmuş, 215 bin insan hayatını kaybetmiş,210 binlerce kadın tecavüze uğramış ve milyonlarca insan evlerini terk etmek zorunda kalmıştır. Bunun yanında okullar, hastaneler, kamu binaları, sanayi tesisleri yıkılmış, ülke ekonomisi de çok büyük zarar görmüştür. Anlaşma, tarafların birbirlerinin eşit egemenlik haklarına saygılı olmalarını ve anlaşmazlıkları barışçıl yöntemlerle çözmelerini şart koşmuştur.
